В середине 60-х сложился индивидуальный стиль Альфреда Шнитке в музыке. Критики отмечали его могучий талант, свободное владение всем существующим сегодня разнообразием жанров и невероятную трудоспособность. Каталог произведений Шнитке включает 70 названий, не считая ранних сочинений и прикладной музыки. Среди произведений композитора: оперы - "Одиннадцатая заповедь" и "Жизнь с идиотом", балет "Лабиринты", оратория "Нагасаки", прелюдия памяти Дмитрия Шостаковича, кантата "История доктора Иоганна Фауста" и др. Альфред Шнитке очень много и плодотворно работает в кино. Он написал музыку к нескольким десяткам фильмов, в том числе-"Ты и я", "Восхождение" (режиссер Лариса Шепитько), "Комиссар" (режиссер А. Аскольдов), "Экипаж", "Сказка странствий" (режиссер Александр Митта), "Осень" (режиссер Андрей Смирнов), "И все-таки я верю" (режиссер А. Ромм), "Агония", "Спорт, спорт, спорт" (режиссер Элем Климов) и другим.
Очень рано пришло к А. Шнитке широчайшее международное признание. Премьеры его произведений всегда становились мировым культурным событием, их исполняли крупнейшие оркестры Европы и США под управлением величайших дирижеров современности. Он являлся членом-корреспондентом Берлинской академии изящных искусств. Шведской королевской музыкальной академии, Баварской академии изящных искусств, был избран почетным членом Гамбургской академии изящных искусств. Альфред Шнитке удостоен премии "Триумф" - императорской премии Японии.
В то же время в российских музыкальных кругах существовала и стойкая оппозиция Шнитке. Эти люди считали его "ненастоящим" композитором, дутой знаменитостью, поднятым на щит падким на скандалы Западом.
Между тем неуемная творческая активность Шнитке негативно сказывалась на его здоровье. Кроме того, он сильно переживал за своего сына Андрея (родился в середине 60-х), который страдал врожденным пороком сердца, что требовало особого внимания со стороны родителей. Шнитке порой спал по 3-4 часа в сутки. В июне 1985 года он уехал отдыхать в Пицунду, в Дом творчества кинематографистов, и именно там у него случился первый инсульт.
Стоит отметить, что судьба оказалась благосклонной к великому композитору. Порази его правосторонний инсульт, он бы навсегда потерял музыкальную одаренность. При левостороннем инсульте он мог лишиться речи, но этого тоже не произошло. В 1986 году А.Шнитке была присуждена Государственная премия РСФСР. Год спустя он был удостоен звания заслуженного деятеля искусств РСФСР.
В 1990 году Альфред Шнитке на год уехал работать в Берлин. Но вскоре ему предложили работу в Гамбурге, и творческая командировка Шнитке затянулась. А затем в его судьбу вмешались непредвиденные обстоятельства. Шнитке перенес в Германии второй инсульт, и его долго лечили тамошние врачи. Видимо, чувствуя, что каждый день может оказаться для него последним, Шнитке решил принять германское гражданство.
С каждым днем здоровье композитора ухудшалось. В июне 1994 года Альфред Шнитке перенес третий инсульт. Только любовь жены, находившейся рядом, и современная медицина помогли ему выкарабкаться с того света. Но ситуация все равно была серьезной - Шнитке практически полностью парализовало, и отныне его вторым домом стала гамбургская клиника. Медики создали специальный аппарат, при помощи которого подвешенной парализованной рукой Шнитке фиксировал звуки, рожденные его сознанием и слухом. Эти записи затем "доводили до ума" сотрудники музыкального издательства Сикорского. В таком состоянии Шнитке написал свое последнее произведение - Девятую симфонию, посвященную Геннадию Рождественскому. Сразу после выхода в свет Девятая симфония Шнитке была отмечена международной премией "Глория".
В начале лета 1998 года состояние Шнитке ухудшилось. Врачи подозревали, что у него воспаление легких, и перевели его в другую больницу. Однако там диагноз не подтвердился, и композитора вернули в Гамбург. Это был последний переезд Шнитке - 3 августа в 8 часов утра он скончался.
Похороны Альфреда Шнитке прошли 10 августа в Москве, на Новодевичьем кладбище.